作品タイプの使い方については、主に以下を想定していました。
- 二次創作サイトにおいて、作品をジャンル・CP等で分ける
- 連載作品・長編作品をタイトル別で分ける
ですので、「長編小説AAA」「長編小説BBB」のように
長編小説のタイトルごとに登録していただく使い方は、こちらの想定内です。
ただ、その中でさらに「第一話」「第二話」のように、
話数ごとに作品タイプを使うというのは、想定外でした。
（基本的に、一話を「１作品（投稿）」で扱うことを想定していたためです）
以上から、「作品タイプはそこまで頻繁に追加削除されない」と想定していました。
作品タグの使い方は、ご質問者様のおっしゃるとおりで、
主に作品の傾向分類についての利用を想定しているものです。
作品タイプの利用方法が間違っている・非効率というわけではなく、
むしろそのように扱っていただくのが、管理者・訪問者の両方にとって最良かと思います。
当方には長編小説サイト運営・訪問の経験がないため、
このような運用方法があることは、目から鱗でした。
※
余談ですが、今後、「作品」の中でページ分割を行えるようにする機能も実装を検討しています。
これを使えば、一つの「作品（投稿）」の中で、1ページ目、2ページ目……
と、適切な位置で分割することが可能になります。（Pixivの小説機能のページ分けのようなイメージです）
この機能を使っても、ご質問者様が目指すような作品展示が実現できそうに思います。
実装時期は未定ですが、実装できましたらこちらの機能の利用も検討していただければ幸いです。